Auch in Judäa fand der Hellenismus begeisterte Anhänger, die vor allem in der Oberschicht und im höheren Klerus vertreten waren. Dadurch wurde das Judentum stark in Bedrängnis gebracht. Ebenfalls versuchten die Seleukiden das Judentum zu verdrängen. Es kam zum Verbot des jüdischen Tempeldienstes und des Brauches der Beschneidung. Daraufhin kam es zum organisierten bewaffneten Widerstand. An der Spitze dieser noch kleinen Gruppe von Aufständischen stand der Priester Mattathias aus Modeîn. Nach dessen Tod übernahm sein Sohn Judas die Führung. 164 v. Chr. gelang ihm die Einnahme Jerusalems. Jedoch schaffte er es nicht die Stadtfestung Akra einzunehmen, denn diese konnten die Seleukiden halten.
Unerwartete Unterstützung bekam Judas, auch Makkabi genannt, von dem Stamm der
Parther. Diese waren ursprünglich am Südufer des Kaspisees ansässig und
drangen nun nach Süden vor. Die Seleukiden sahen sich nun von beiden Seiten
bedroht und versuchten deshalb die Judäer freundlicher zu stimmen, indem sie
ihnen ihre Glaubensfreiheit zurückgaben. Judas nutzte die Schwächen der
Seleukiden und forderte die völlige Autonomie Judäas. Doch im Jahre 160 v.
Chr. fiel Judas in einer Schlacht gegen den Feldherrn Balchides durch den Verrat
von dem griechenfreundlichen Hohenpriester Alkimos. Sein Bruder Jonathan setzte
den Kampf fort. Durch seine geschickte Taktik errang er die Hohepriesterwürde
und bekam von den Seleukiden den Titel eine Teilherrschers zuerkannt. Doch als
er versuchte mit den Römern Kontakt aufzunehmen, da diese in den Punischen
Kriegen ( 264 - 146 v. Chr. ) erfolgreich waren, wurde er von den Seleukiden als
Hochverräter 143 v. Chr. hingerichtet.Der dritte Makkabäer, Simon, verstärkte den Druck auf die Seleukiden und erreichte, dass die Garnision auf der Akra kapitulierte und somit nahm der Einfluss der Makkabäer zu. Doch im Jahre 135/134 v. Chr. fiel Simon einem Mordanschlag zum Opfer.
Sein Sohn Johannes Hyrkan I. und Nachfolger im Hohepriesteramt mußte den Seleukidenführer Antioches VII. Sideles im Kampf gegen die Parther Heerfolge leisten. Sideles fiel aber und Johannes unterwarf an der Spitze des Söldnerheeres die Samaritaner und Idmäer.
104 v. Chr. starb Johannes und es kam zu einer Errichtung einer einjährigen Gewaltherrschaft durch seinen Sohn Aristobul I. Danach übernahm sein Bruder Alexander Jannäus die Macht und ließ sich als erster Makkabäer zum König ernennen. Durch ihn kam es zur Erweiterung des Reiches denn er regierte mit harter Hand. Von den Untertanen wurde er gehasst und gefürchtet. In einem der zahlreichen Kleinkriege, die er während seinen Regentschaft führte, starb er 78 v. Chr. . Seine Witwe Salome Alexandra stand nun an der Spitze des Reiches. Da sie aber eine Frau war, wurde ihr das Hohepriesteramt verwehrt. Daraufhin setzte sie ihren Sohn Hyrkan II. ein.